Os livros que você cita demoraram para serem universalmente reconhecidos como "bíblicos", mas a partir do momento que isso aconteceu, há muitos séculos, sempre fizeram parte do Cânon.

As últimas cartas que aparecem nas nossas bíblias levaram algum tempo para entrar na lista dos livros bíblicos (cânon) reconhecida por todas as igrejas da antiguidade. Alguns a chamam de "cartas católicas" e são: Tiago; I e II Pedro; I, II e III João; e a carta de Judas. Além dessas cartas outros dois livros levaram tempo para serem universalmente reconhecidos como livros bíblicos: a carta aos hebreus e o Apocalipse.

Essa "demora" para ser reconhecido como livros bíblicos em todos os lugares do mundo cristão não significa que foram aceitos só recentemente. De fato, já no final do Século III o consenso sobre a lista dos livros bíblicos do Novo Testamento era muito amplo.

É preciso ter presente que não existe uma decisão dos primeiros anos da Igreja que diga quais eram os livros bíblicos, tidos como tais. Há documentos que nos transmitem quais eram os livros usados por igrejas locais, como aquela de Roma ou de Constantinopla. Por exemplo, o Cógico Muratoriano, descoberto em uma biblioteca de Milão, no século XVIII, revela quais eram os livros tidos como bíblicos por volta do ano 200, em Roma. Esse documento não menciona Hebreus, 1 e 2 Pedro, 3 João e Tiago.

Fazendo uma síntese geral, no Ocidente as cartas ditas "católicas" tiveram maior dificuldade para entrar na lista dos livros bíblicos, enquanto que no oriente a dificuldade foi inserir na lista Hebreus e o Apocalipse.

No Século IV, por volta do ano 350 depois de Cristo, várias documentos mostram uma lista onde se encontram todos os livros, exceto o Apocalipse (Cirilo de Jerusalém, o Concílio de Laodicéia e Gregório nazianzeno). Mas, já no mesmo período, outras listas incluíam também o Apocalipse (Basílio, Gregório de Nissa, Epifânio e Atanásio)

A canonicidade do Apocalipse deixou de ser um problema a partir do final do V século.

A canonicidade dos outros escritos (Hebreus, Tiago, 2 Pedro, 2 e 3 João) continou sendo discutida até o final da Idade Média, embora aparecessem na maioria das edições bíblicas. Finalmente, em 1441, no Concílio de Florença aparece uma decisão que retém como bíblicos todos os 27 livros atuais do Novo Testamento. Essa lista foi confirmada no século seguinte, em 1546, no famoso Concílio de Trento.

A questão do Cânon bíblico é bastante complexa e convido a ler esse artigo para entendê-la melhor.