A formação da Bíblia, englobando os livros que temos hoje, é um processo muito delicado e não tão simples de descrever. Assim como também não é simples definir, voltando ao passado, o que era a Igreja Católica e, hoje, qual é a igreja "genuína".

A última decisão sobre a lista dos livros bíblicos aconteceu no Concílio de Trento (8 de abril de 1546), quando os bispos católicos afirmaram que ela é composta por 73 livros e Lutero, acolhendo o Antigo Testamento conforme a Bíblia Hebraica, afirmou que era composta por 66 livros. Há outras listas de livros nas igrejas orientais, em cujas bíblias existem outros livros, ausentes tanto na Bíblia Católica quanto na Bíblia Protestante.

Nos primeiros séculos houve certa discussão sobre alguns livros do Novo Testamento, principalmente as cartas aos Hebreus, Tiago, 2Pedro, Judas 2 e 3João e o Apocalipse. Há um testemunho precioso do ano 180 depois de Cristo, conhecido como Cânon Muratoriano (descoberto por Ludovico Muratori em 1740), que traz uma lista dos livros e nessa lista falta somente as cartas aos Hebreus, Carta a Tiago e a Segunda Carta de Pedro, que mais tarde passam a fazer parte da lista de livros.

Em relação aos 6 livros "problemáticos", presentes na bíblica católica e ausentes na protestante, parece claro que eram usados pela primeira comunidade cristã, como também por muitos judeus mesmo já antes de Cristo, como testemunha a tradução grega da Bíblia Hebraica, a LXX (Setenta). Talvez pelo fato que os cristãos se distinguiam pelo uso desses livros, os judeus, pouco antes da fim do primeiro século, determinaram que o cânon deles, dos livros do antigo testamento, compreendia somente os livros escritos em hebraico, o que excluía os 6 livros em discussão, visto que foram escritos em grego. Apesar disso, a Igreja continuou usando-o. Lutero, 1.400 anos mais tarde, achou melhor aceitar as razões dos judeus e excluiu os 6 livros da Bíblia Protestante. Na verdade, mesmo na Bíblia de Lutero esses 6 livros existiam como apêndice, pois tidos como úteis para a teologia, embora não fossem inspirados.

Em relação à segunda parte da sua pergunta, a Igreja, na vontade de Cristo, deveria ser una. Na história houveram tantas divisões. A que lembramos melhor, na ocasião da Reforma, aconheceu há quase 500 anos. Até então a maior parte da igreja ocidental era unida e percorreu a mesma estrada no processo de formação da bíblia. Portanto, os protestantes também ajudaram na formação da Bíblia, do mesmo modo que os católicos, pois a história é herança das duas igrejas.

Além da divisão que aconteceu na época da Reforma, houveram tantas outras, que deveriam também serem consideradas. O resultado final é um número enorme de confissões - que infelismente aumenta a cada dia, cada uma pretendendo ser a igreja querida de Cristo.

É claro que enquantou houver divisão haverá pecado, haverá uma falha que certamente não agrada a Deus. Do mesmo modo, enquanto existirem "tantas" igrejas não existirá uma igreja completamente santa, que poderá dizer-se a "única" verdadeira. Acredito que a maior igreja deva ser julgada pela capacidade de abertura ao diálogo com as outras confissões.

Cabe a cada um fazer um exame de consciência e ver quanto é disposto a dialogar, como igreja.

Em relação à formação da Bíblia, todas, enquanto cristãs, participam da história secular da igreja.