Respondo essa pergunta pela vontade de afirmar que, conforme a vontade de Cristo, que desejava que fôssemos um, toda divisão contradiz o espírito cristão e é sinal da nossa fraqueza, expressão de algum tipo de pecado. Lemos em João 17,20-2:

Eu não te peço só por estes, mas também por aqueles que vão acreditar em mim por causa da palavra deles, para que todos sejam um, como tu, Pai, estás em mim e eu em ti.

Apesar disso, as denominações cristãs são muitas. Tentei ver no site da instituição que você menciona, o Conselho Nacional de Igrejas Cristãs do Brasil - Conic, mas não está funcionando. De qualquer forma, não saberia responde a sua pergunta. O importante é saber que as divisões começaram no Concílio de Éfeso, com a questão das duas naturezas de Cristo, a humana e divina. Um grupo não concordou com a ideia que em Cristo existisse uma única pessoa, humana e divina, mas dizia que haviam duas realidades separadas. Disso nasceu o Nestorianismo, que deu origem à Igreja Assíria do Oriente.

Mais tarde veio o Cisma do Oriente, em 1054, quando os líderes de Roma e de Constantinopla se excomungaram reciprocamente, tendo como pano de funto a questão teóliga sobre a proveniência do Espírito Santo.

Depois veio a Reforma, com Lutero, com o evento chave da publicação de suas 95 Teses em 31 de outubro de 1517 na porta da Igreja do Castelo de Wittenberg. A partir desse momento nasceram vário ramos, tais como o próprio protestantismo, o anglicanismo e outros.

A partir do XVII século começou a aparecer os movientos evangélicos, que se multiplicaram e creio hoje ser muito difícil dizer quantos e quais são, pois não têm uma estrutura central que os regulamente e, muitas vezes, nasceu e desaparecem com bastante frequência.

Esse link, da Wikipedia, pode ser de ajuda para formar uma lista das igrejas existentes, sobretudo do ponto de vista histórico.