Essa lista que você pede pode parecer mera curiosidade, mas é importante, pois o uso das palavras tem o seu peso e analisá-lo é um dos critérios para elaborar uma teologia bíblica.

Abaixo coloco uma tabela com uma lista das palavras que aparecem mais de 500 vezes no Novo Testamento. A fonte é o dicionário Complete Vocabulary Guide to the Greek New Testament, de  Trenchard.

Logicamente, as palavras que mais aparecem são aquelas corriqueiras de uma língua, tais como os artigos, pronomes e preposições.

Grego Vezes Significado
ὁ, ἡ,τό 19867 o, a (artigo)
καί 9161 e, também
αὐτός, -ή, -ό 5597 ele, ela
σύ;ὑμεῖς 2907 tu, vós
δέ 2792 mas, e
ἐν 2752 em, por
ἐγώ;ἡμεῖς 2666 Eu, nós
εἰμί 2462 Eu sou
λέγω 2354 Eu digo, eu falo
εἰς 1767 para dentro
οὐ 1606 não
ὅς, ἥ,ὅ 1398 que, o qual
οὗτος, αὕτη,τοῦτο 1387 este
θεός, οῦ,ὁ 1317 Deus
ὅτι 1296 porque, que
πᾶς, πᾶσα,πᾶν 1243 todo, tudo, cada
μή 1042 não
γάρ 1041 por isso, assim, então
Ιησοῦς, οῦ,ὁ 917 Jesus
ἐκ 914 de, desde, fora de, por
ἐπί 890 (+gen. sobre); (+dat.- junto a); (+acc.- para)
κύριος 717 Senhor
ἔχω 708 Eu tenho
πρός 700 (+gen.- por); (+dat.- junto a); (+acc.- para, contra)
γίνομαι 669 Eu me torno, eu sou
διά 667 (+gen.- através); (+acc.- por causa de)
ἵνα 663 de maneira que
ἀπό 646 (+genitivo: de)
ἀλλά 638 mas
ἔρχομαι 634 Eu venho, eu vou
ποιέω 568 Eu faço
τίς,τί 556 Quem? Qual?
ἄνθρωπος, ου,ὁ 550 homem
Χριστός, οῦ,ὁ 529 Cristo
τις,τι 525 alguém, qualquer um, algo
ὡς 504 como
εἰ 502 se

 

Aqui você encontra uma lista interessante, baseada na versão Bíblia Pastoral, com o elenco das palavras mais frequentes, considerando toda a Bíblia, segundo essa versão da Bíblia em português.

Nesse link você encontra outros recursos online sobre o grego bíblico.