Não existe nenhuma diferença. De fato, trata-se sempre do mesmo livro. São dois modos de dizer a mesma coisa:

  • Evangelho segundo São João
  • Evangelho segundo João

Trata-se sempre da "Boa Nova" (eu anghélion) que o apóstolo João escreveu contando a vida e a mensagem de Jesus, o quarto evangelho, que vem depois de Mateus, Marcos e Lucas.

A diferença deriva do fato que os católicos tratam o apóstolo como um santo e por isso acrescentam "São" diante do seu nome. O mesmo acontece para os outros três evangelhos.