A resposta é negativa. Simão Cirineu não era pai de Paulo.

Segundo os três evangelhos sinóticos (Mateus 27,32-33; Marcos 15,21-22 e Lucas 23,26), Simão de Cirene (Mateus e Lucas), ou Simão Cirineu (Marcos), foi a pessoa que os soldados obrigaram a ajudar a Jesus a levar sua cruz até o calvário, o lugar da crucificação.

Marcos e Lucas dizem que ele "vinha do campo". Mas, como você acena na pegunta, é Marcos que dá mais informação sobre ele:

"Ele era pai de Alexandre e de Rufo"

Certamente esse detalhe mostra que "Alexandre e Rufo" eram bem conhecidos pelos destinatários do Evangelho de Marcos. Muitos dizem que Marcos teria escrito esse texto em Roma ou para os romanos. Por isso, se supõe que esses dois personagens eram conhecidos da comunidade de Roma.

Simão Cirineu e Paulo

Aqui podemos colocar o contexto para a sua pergunta. De fato, no texto que você cita da carta aos Romanos, paulo diz:

Saudai Rufo, este eleito do Senhor, e sua mãe, que é também minha.

Podemos presumir, visto que Marcos e Paulo se conhecem muito bem, que esse personagem "Rufo", citado por Paulo, seja o mesmo mencionado no Evangelho. Não temos provas certas, mas é uma hipótese plausível.

O fato que Paulo diga que a mãe de Rufo é também a sua mãe, não pode ser tomado literalmente. Sabemos bem que Paulo é de Tarso, na atual Turquia. Cirene, invés, era uma cidade da atual Líbia. O termo "mãe" usado por Paulo tem um sentido espiritual ou até material, no sentido que a mãe de Rufo tem cuidado e afeto por Paulo.