Para contextualizar a resposta, coloco 4 traduções em português que temos às mãos:

Bíblia de Jerusalém: Ide, portanto, e fazei que todas as nações se tornem discípulos, batizando-as em nome do Pai, do Filho e do Espírito Santo.
Almeida Revista e Atualizada: Ide, portanto, fazei discípulos de todas as nações, batizando-os em nome do Pai, e do Filho, e do Espírito Santo;
Biblia Almeida Revista e Corrigida: Portanto, ide, ensinai todas as nações, batizando-as em nome do Pai, e do Filho, e do Espírito Santo;
Edição Pastoral: Portanto, vão e façam com que todos os povos se tornem meus discípulos, batizando-os em nome do Pai, e do Filho, e do Espírito Santo, 

Do meu ponto de vista a Almeida Revista e Atualizada é a melhor tradução, respeitando o texto original.

O único ponto crítico, como podemos ver as diferenças nas traduções, é a expressão "todas as nações". Nas traduções citadas, há duas interpretações. Para 3 delas, Jesus comanda aos apóstolos para que façam com que todas as nações se tornem discipulas. Para a Almeida Revista e atualizada, invés, "todas as nações" é simplesmente um advérbio de lugar, ou seja, indica a proveniência daqueles que se tornarão futuros discípulos: podem ser de todas as nações. É uma diferença substancial e tem influência teológica na mensagem de Mateus.

O texto original, grego, não apresenta nenhuma questão de crítica textual. Literalmente poderíamos por assim o texto grego:

Ide pois fazei discípulos todas as nações batizando a eles no nome do pai e do filho e do espírito santo.

Concentrando-nos na expreção que grifei "todas as naçõe" podemos ver que como é no grego há uma lacuna que pede ao tradutor uma decisão. Ou seja, quem traduz precisa decidir se "todas as nações" é um objeto do verbo composto "fazer discípulo" ou se é um outro complemento. Nesse caso é importante seguir lendo a frase e considerar a gramática grega da frase.

1. Batizando a eles - Quem deverá ser batizado, em grego, é de gênero masculino (eles) e, portanto não concorda com "todas as nações", que em grego é neutro. Se quem tivesse que ser batizado fosse "todas as nações" o grego teria usado o neutro e não o masculino. Portanto são os discípulos que devem ser batizados, não importando aonde estão.

2. As traduções que colocam "batizando a elas" não concordam alteram o texto original grego, que diz "batizando a eles", subentendendo "os discípulos".