A premissa da sua pergunta pode ser discutida. De fato, lemos em João 20,22:
soprou sobre os discípulos e lhes disse: "recebei o Espírito Santo".
E podemos citar também João 4,1-3:
Os fariseus ficaram sabendo que Jesus atraía discípulos e batizava mais do que João. Na verdade, não era Jesus que batizava, mas os seus discípulos. Ao saber disso, Jesus deixou a Judéia e foi de novo para a Galiléia.
O primeiro texto, João 20, pode ser visto como o batismo dos discípulos e, graças à segunda passagem, podemos concluir que Jesus batizava através dos apóstolos.
De qualquer forma, o problema que você põe não é novo. Já Agostinho lidou com esse tema, respondendo a uma pessoa (Seleuciana), que fazia a mesma interrogação. Infelizmente não encontrei a versão em português dessa carta, mas aqui você pode ler em italiano.
Traduzo para o português, em seguida, o parágrafo 4 dessa carta:
Como as pessoas virtuosas da Antiga Aliança não tinham culpa se não fossem circuncidados, mas, depois de Deus ter prescrito a circuncisão de Abraão e da sua posteridade, se não tivessem já feito isso, eles teriam tido uma grave culpa, assim também antes que o Senhor Jesus Cristo instituísse na sua Igreja o sacramento da Nova Aliança ... no lugar da circuncisão carnal dando o Santo batismo e proclamando em notas claras: ninguém pode entrar no Reino de Deus, se não nasce da água e do Espírito (João 3,5), não precisamos mais perguntar quando alguém foi batizado; mas sempre lemos que todos os que estão no corpo de Cristo, que é a Igreja (Colossenses 1,24), pertencem ao reino dos céus, devemos entendê-lo somente do batizado, exceto aqueles que sofreram os sofrimentos do martírio e foram mortos antes receber o batismo, para os quais o próprio martírio vale como batismo. Será que podemos dizer o mesmo dos Apóstolos, que tiveram tanto tempo para serem batizados, que inclusive batizaram outras pessoas? Por outro lado, nem todas as ações que aconteceram foram registradas nas Sagradas Escritura e mesmo assim temos certeza que aconteceram como pode ser provado pelas próprias Escrituras. Está escrito quando o apóstolo Paulo foi batizado (Atos 9,18), enquanto não está escrito quando os outros apóstolos foram batizados; no entanto, é preciso entender que eles também foram batizados da mesma forma que está escrito quando foram batizados os fieis da Igreja de Jerusalém (Atos 2,41) e Samaria (Atos 8,12), enquanto, na verdade, não está escrito quando outros fieis vindos do paganismo foram batizados, para os quais os Apóstolos enviaram suas cartas. Nos, a respeito deles, não colocamos em dúvida que também foram batizados, tendo em vista a ordem dada pelo Senhor, mencionada acima: se alguém não nascer de novo pela água e pelo Espírito Santo, não entrará no Reino de Céus (João 3,5).
