Penso que todas as duas formas são aceitáveis, pois servem para distinguir esse João do outro, o apóstolo, autor também do quarto evangelho. Eu particularmente costumo usar "João Batista", pois, devido ao uso, se tornou um nome próprio.

Há vários personagens que receberam um nome para destinguir de outros, com o mesmo nome. Temos, também no contexto bíblico, Herodes chamado de Grande (Herodes Grande) para distinguir do seu filho Herodes Antipas.

Todos os 3 evangelhos sinóticos o chamam de "João Batista" (veja aqui as passagens). Em grego temos Iōannēs ho baptistēs, que pode ser traduzido "João que batiza" ou "João o batista" ou simplesmente "João Batista". Sinta-se livre para usar ambas as frases.